Nhà Minh vào đầu thế kỷ XV sau khi xâm chiếm Việt Nam lại khôi phục phủ Giao Châu. Phủ Giao Châu là một trong 15 phủ (sau tăng lên 17 phủ), cùng với 5 châu lớn khác nằm trong tỉnh Giao Chỉ, tức địa bàn Việt Nam thời bấy giờ.

Sau khi Lê Lợi đánh đuổi quân Minh lên làm vua, ông đã bỏ các đơn vị hành chính cũ và chia cả nước thành 5 đạo. Các tên gọi Giao Châu và Giao Chỉ với tư cách là những đơn vị hành chính chính thức đã chấm dứt từ đó.